Het orgel werd spoedig na zijn voltooiing een toeristische attractie van internationale allure en is dat nog steeds. Het werd bespeeld door G.F. Händel in 1740 en ’50, die er speciaal voor omreisde, en in 1766 door de toen 10-jarige Mozart. In de zomer trekken de stads-orgelconcerten elke week vele bezoekers. Deze toestroom wordt nog versterkt tijdens het tweejaarlijks gehouden Internationaal Orgelfestival. Met het Haarlemse orgel heeft zijn maker, de van oorsprong Duitser Christiaan Müller zich geplaatst onder de grote orgelbouwers, niet alleen van zijn tijd, maar van alle tijden. Hoewel diverse malen ingrijpend gerestaureerd – de laatste grote restauratie werd in 1959-60 verricht door de Deense firma Marcussen – heeft het orgel zijn oorspronkelijke concept behouden met nog ca. 90% van het oude pijpwerk.
De Zaanse orgelbouwfirma Flentrop, die het orgel in onderhoud heeft, verrichtte in de afgelopen jaren een aantal herintonatie-werkzaamheden, waardoor de klank het origineel weer dicht benadert. Die klank laat zich omschrijven als breed, voornaam, en ondanks de talloze kleurschakeringen uitzonderlijk homogeen. Beroemd zijn de Cornet, het register dat geplaatst werd om de melodie van het psalmgezang mee te kunnen versterken, en de Vox Humana, ofwel nabootsing van de menselijke stem, waarvan we weten dat Händel er zeer van gecharmeerd was.
Vanzelfsprekend draagt ook de voortreffelijke akoestiek van de kerk bij aan de klankschoonheid van het instrument. Enkele technische gegevens: het orgel telt ruim 5000 pijpen, verdeeld over 64 registers, met drie manualen en pedaal. De kas is van grenenhout en mahoniekleurig geverfd; alle pijpen zijn van metaal (een legering van lood en tin). De speel-registertractuur is mechanisch (vernieuwd in 1960). De stemming is gelijkzwevend, een concessie aan de huidige concertpraktijk, waarbij niet alleen barokmuziek, maar muziek uit alle stijlperiodes wordt uitgevoerd.
Het Müller-orgel wordt voornamelijk bespeeld in de zomerperiode, op de genoemde stadsconcerten en tijdens de kerkdiensten op zondag. Naast openbare concerten is er de mogelijkheid van privé-concerten (zie www.organfestival.nl voor contactgegevens) op het Müllerorgel door één van de stadsorganisten, een steeds populairder wordend uitje van bedrijven en instellingen.